开采许可证持有人在自然环境保护方面承担以下义务：
（1）对自然环境影响状况进行评估，制定自然环境保护计划。
因开采许可证取得途径的不同，完成上述工作的时间节点有所不同。勘探许可证持有人向其勘探场地提出开采许可证申请的，在取得开采许可证之前完成；经招标程序取得开采许可证的主体在拿到该许可后要完成。
（2）通过对自然环境影响状况进行评估，预先确定有关矿山作业过程中可能对人体健康和自然环境造成的有害影响，并明确减少、消除有害影响的措施；
（3）自然环境保护计划中应包括下列综合措施：按照对自然环境危害小的原则进行矿山作业，预防对大气和水造成污染、对和动植物造成负面影响；
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在自然环境保护计划中，除了上述内容，还应包括下列内容：
（1）有毒和有害物资、材料的保管及监督；
（2）地表和地下水的保护、利用、蓄存；
（3）修建矿山废弃物围墙，保障矿区安全；
（4）《矿产资源法》第38.1.2条规定的恢复措施（具体为：环境污染程度不超过准许标准；通过回填、平整、绿化被破坏的土地，使其达到今后可以为公共用途利用的水平）；
（5） 与具体矿山作业特点有关的其它措施。
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该报告应包括以下内容：
（1）自然环境保护方面所采取的措施；
（2）采用的新技术、工艺；
（3）因扩建工厂提高产能可能对环境造成的负面影响，与此相关的环境影响状况评估报告和环境保护计划修改意见
（4）自然环境影响状况评估报告和自然环境保护计划需要送交主管自然环境事务的国家中央行政机关；
（5）自然环境影响状况评估报告和自然环境保护计划审核通过后，许可证持有人将其复印件送交该矿所在地省、县、区行政长官和自然环境监督机关；
（6）随时登记矿山作业对自然环境造成的负面影响，每年出具自然环境保护计划的履行情况总结报告，分别送交主管自然环境事务的国家中央行政机构、当地省、县、区行政长官和技术监督机关；
（7）为有权对自然环境保护法律法规的执行情况进行监督的国家和地方行政机关的公职人员进入矿区、实地检查提供方便。
（8）每年12月31日前，向做出环境影响情况总评估的机关送交当年履行环境保护计划的报告。由该机关认定第二年的计划及其实施所需资金、费用的额度。
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有关资金的使用及追加、退还：
（1）如果许可证持有人没有完成自然环境恢复措施的，主管自然环境事务的国家中央行政机关将使用上述(8)所规定的资金，让专业机构完成自然环境恢复工作。如果资金不足以完成恢复工作，则由许可证持有人无条件追加。
（2）如果许可证持有人完全履行了自然环境影响状况评估报告和自然环境保护计划中规定的义务，则在关闭矿山的阶段向其退还上述(8)所规定的资金。
